“九五”总体目标是：
（1） 针对下世纪初我国国民经济和社会发展中面临的重大问题，组织优秀队伍，探索新的理论和方法，力争在学科前沿上有所建树，做出一批高水平成果。
（2） 着眼于长远发展注重同基地建设的整体工作结合起来。选择科研水平高、人才队伍好的国家重点实验室、部门开放实验室和重大科学工程等优秀科研群体承担攀登计划项目，注意充分发挥它们在基础研究工作中的中坚作用。
（3） 促进学科结构的调整和交叉学科的发展。以攀登计划项目问题为核心，开展多学科综合性研究。通过攀登计划工作中不同学科交叉和渗透的带动，促进我国基础科学的结构调整。
（4） 切实加强年轻学科带头人的培养。通过攀登计划工作的带动，造就数十名学术造诣深、对世界科学发展有一定影响的科学家和一批富有开拓创新精神的中青年学术骨干。1996年科学基金各项工作取得了新的进展。科学基金经费在连续两年持续增长的基础上，又增加了0.7亿元，这为国家自然科学基金“九五”计划的顺利实施开了个好头。经过充分酝酿和论证的136个科学基金重点项目和12个重大项目已完成立项，开始实施。1996年有84人获得“国家杰出青年科学基金”。青年科学基金经费比1995年增长13%。截至1996年，已与33个国家和地区的38个科学基金组织建立了合作关系，国际科技交流与合作活动的形式更加灵活多样。