九十年代初，公园在河渠街一侧开设了北门。儿童铁路1991年至2000年10年间共培养了3200多名小员工，接待了3万余名外宾。1993年开始改造老杨树林。1994年6月1日，公园把几十年的老杨树林改造成“快乐林”，修建大型喷泉，按比例缩建万里长城，建有小太阳宫、大型迷宫等建筑，引进大苹果等游乐设施，并设有小动物园，改造工程总面积15000平方米。1995年，儿童火车由原来的汽油机车更换为柴油机车，车体改成了流线形，车厢由硬座改为软席，车内安装了广播。1996年7月，黑龙江省与日本北海道缔结友好城市十周年纪念，日本北海道赠送一座凉亭，安置在快乐林内；1997年5月28日，投资200余万元，占地350平方米，建筑面积1200平方米的新北京站落成剪彩。站台边新建了一座候车长廊和一座象征和平的喷泉雕塑，站前广场新铺设了 1102平方米的绿色草坪，北京站广场引进了200余只和平鸽。完成西门改造工程，新建西门绿化广场，现代化的电动伸缩门与宽阔的台阶式广场通道；1997年9月，园内马家沟河河段的改造工程启动，新建人工湖和水榭。1997年冬，公园与哈尔滨建筑大学共同举办了“儿童冰雪大世界”游园会活动。1999年新建了“山海关”儿童火车隧道。2000年，公园的白桦道重新铺装彩色道板，道路两侧的绿地中修砌了风格各异的林间甬道，形成一条风格别致的步行街；桃红地与芍药园中间的绿地，重新配制植物，铺设成曲径通幽的小路。绿地中心修建了一个休闲区。改造游乐场地面，铺装彩色道板10000余平方米。在游乐场中心儿童攀登架周围新建4组扇形花池。拆除900多平方米的门市房和1000多平方米的北大墙，统一安装透视栏杆，实施了“拆墙透绿”工程。2000年7月18日，公园邀请中央电视台少儿节目主持人董浩与小朋友同坐“少先号”儿童列车。1990年-2000年，哈尔滨市儿童公园已有儿童火车、碰碰车、逍遥球、高空观览车、豪华章鱼、海洋球、汽油车、淘气堡、飞机、快乐林、水上世界、高台滑板、豪华转马、滑行龙、游船、脚踏车、儿童乐园、小游艺机等18项游乐设施.